El tránsito de la Edad Media a la Moderna, representado en Villena con el fin del dominio feudal de los Pacheco y la sujeción definitiva de la villa a la Corona Real, se reflejaría en nuestra población de múltiples maneras a lo largo de las últimas décadas del siglo XV y sobre todo en el siglo XVI. Estos cambios serían especialmente relevantes en la arquitectura, con nuevos edificios tan representativos como las actuales iglesias de Santiago y Santa María, la Casa del Tesorero (actual Ayuntamiento) o el antiguo Hospital de la Concepción.
Pero si hay un lugar que representa como ninguno esta nueva etapa en Villena, ese es sin duda el Santuario de las Virtudes. La historia es por muchos conocida: la población, huyendo de la villa por una epidemia de peste, se encomienda a una nueva patrona abogada y protectora contra la enfermedad. La Virgen de las Virtudes simboliza, no solo una nueva época en Villena, sino también la ruptura con la que quizás fue la patrona anterior, la Virgen de las Nieves, cuya capilla en el Castillo de la Atalaya bien pudo representar para los villenenses otro símbolo del poder de los Pacheco en la villa.
El Santuario de las Virtudes, bien de interés cultural, es uno de los grandes tesoros artísticos de nuestra ciudad, y es en su cripta donde hoy día, después de más de 400 años, podemos contemplar los inicios del culto a la Morenica en Villena. Paredes de tapial muestran lo que pudo ser una primitiva ermita de finales del s. XV, ampliada quizás con sillares hoy aún visibles que darían forma a lo que pudo ser un pórtico de entrada o incluso un pequeño claustro anexo. Sería durante el s. XVI cuando sobre esta ermita se levantase el actual templo, haciendo coincidir el altar de la capilla con el actual altar mayor de la patrona. Ya en el XVII se construirían nuevas estancias que sirvieran de soporte a la actual sacristía y a la joya que es el camarín, y también de cripta de enterramiento para los agustinos a cargo del Santuario, como así demuestran los muchos restos de frailes aparecidos.